A povoação que deu origem à sede municipal localizava-se no antigo município de Forte, hoje simples povoado, de nome ‘Olhos D′água’, em virtude de diversas nascentes existentes na região.
Em 1910, segundo o Anuário Estatístico e Geográfico do Estado de Goiás, o povoado possuía apenas duas casas e uma capela dedicada a São João e denominava- se Capetinga, nome originário do ribeirão que banha a região. Mais tarde, tornou-se conhecido por São João de Capetinga, em louvor ao padroeiro e à denominação antiga do local.
Em 22 de abril de 1931, o povoado foi elevado à categoria de Vila, com o novo topônimo de São João d′Aliança, em homenagem à Aliança Liberal que triunfou em 1930, tornando-se sede do município de Forte, que retornou à condição de povoado, pela Lei Estadual nº 793, de 6 de março de 1931, que determinara a transferência da sede municipal.
Em 1939 foi extinto o município, que passou a pertencer ao município de Formosa, na qualidade de distrito. Apenas em 1953 voltou a vigorar como município.
Fonte: Câmara Municipal de Vereadores e Jornal Diaconia (2001)